顯微鏡以顯微原理進行分類可分為偏光顯微鏡、光學顯微鏡與電子顯微鏡和數碼顯微鏡。
1、光學顯微鏡：通常皆由光學部分、照明部分和機械部分組成。無疑光學部分是最為關鍵的，它由目鏡和物鏡組成。光學顯微鏡的種類很多，主要有明視野顯微鏡（普通光學顯微鏡）、暗視野顯微鏡、熒光顯微鏡、相差顯微鏡、激光掃描共聚焦顯微鏡、偏光顯微鏡、微分干涉差顯微鏡、倒置顯微鏡。
2、電子顯微鏡：電子顯微鏡比光學顯微鏡高得多的對物體的放大及分辨本領，它將電子流作為一種新的光源，使物體成像。電子顯微鏡種類包括透射電子顯微鏡、X光顯微鏡、掃描電子顯微鏡。常用于生物、醫(yī)藥及微小粒子的觀測。
3、偏光顯微鏡：凡具有雙折射的物質，在偏光顯微鏡下就能分辨的清楚，當然這些物質也可用染色法來進行觀察，但有些則不可用，而必須利用偏光顯微鏡。偏光顯微鏡主要是用是來觀察液晶、纖維等自身具有單折射性或雙折性的物體。
4、數碼顯微鏡：數碼顯微鏡是將精銳的光學顯微鏡技術、先進的光電轉換技術、液晶屏幕技術完美地結合在一起而開發(fā)研制成功的一項高科技產品。從而，我們可以對微觀領域的研究從傳統(tǒng)的普通的雙眼觀察到通過顯示器上再現，從而提高了工作效率。
