1、等電聚焦法（IEF）

由于三種主要ApoE異構(gòu)體E2、E3和E4的等電點（pⅠ）分別為5.89、6.02和6.68，E4比E3多一個正電荷，而E2比E3少一個正電荷。因此，可應用1EF檢測這些異構(gòu)體間電荷差異而確定不同ApoE表型。傳統(tǒng)ApoE表型檢測方法多采用超速離心法或化學沉淀法分離VLDL，脫脂后進行IEF，然后進行染色分析。這種方法需要血清量較多，昂貴、費時，又需要大型設(shè)備，不適合大規(guī)模研究。ApoE異構(gòu)體之間染色程度之間差異及電泳過程中泳動距離的變異性也造成結(jié)果的不穩(wěn)定性。

2、雙相電泳法（two-dimensional electrophoresis）

第一相應用IEF電泳將等電點不同的蛋白質(zhì)分離；第二相根據(jù)蛋白質(zhì)分子量不同及濃度的差異，應用SDS-PAGE進行分離，由此確定ApoE表型。此技術(shù)能解決IEF遇到的一些轉(zhuǎn)錄后修飾的問題，臨床標本用量也很少，并且可以同時進行定性和定量分析，但由于成本昂貴而且費時，有時也難以清晰地分辨表型，故臨床上應用較少。

3、免疫印跡法（immunoblotting）

血清脫脂后，經(jīng)IEF電泳將ApoE與其他蛋白質(zhì)分離，然后將凝膠中蛋白質(zhì)轉(zhuǎn)移到硝酸纖維素（NC）膜上，用抗ApoE抗體作為一抗進行免疫印跡反應或采用直接的免疫固定法，即可靈敏而特異地顯示出ApoE區(qū)帶的位置，從而確定ApoE表型。此方法利用抗原-抗體的特異反應，排除了血清其他蛋白質(zhì)的干擾，不需超速離心分離VLDL，血清用量少，是國內(nèi)外實驗室檢測ApoE表型常用的方法之一。但此類方法亦存在一些缺點，如對于存在與普遍異構(gòu)體具有相同電荷的罕見異構(gòu)體標本，或在糖尿病等病理狀態(tài)時，由于轉(zhuǎn)錄后修飾引起蛋白質(zhì)變化的標本檢測時，就會給出錯誤的結(jié)果。